Tengo una duda sobre las vacaciones y la baja laboral.

Me parece que te quieren timar. Tienes que acudir al artículo 38.3 del Estatuto de los Trabajadores, que se refiere a las vacaciones:

"3. El calendario de vacaciones se fijará en cada empresa. El trabajador conocerá las fechas que le correspondan dos meses antes, al menos, del comienzo del disfrute.

Cuando el periodo de vacaciones fijado en el calendario de vacaciones de la empresa al que se refiere el párrafo anterior coincida en el tiempo con una incapacidad temporal derivada del embarazo, el parto o la lactancia natural o con el periodo de suspensión del contrato de trabajo previsto en los apartados 4, 5 y 7 del artículo 48, se tendrá derecho a disfrutar las vacaciones en fecha distinta a la de la incapacidad temporal o a la del disfrute del permiso que por aplicación de dicho precepto le correspondiera, al finalizar el periodo de suspensión, aunque haya terminado el año natural a que correspondan.

En el supuesto de que el periodo de vacaciones coincida con una incapacidad temporal por contingencias distintas a las señaladas en el párrafo anterior que imposibilite al trabajador disfrutarlas, total o parcialmente, durante el año natural a que corresponden, el trabajador podrá hacerlo una vez finalice su incapacidad y siempre que no hayan transcurrido más de dieciocho meses a partir del final del año en que se hayan originado".

Es decir, aplicado a tu situación, tenemos lo siguiente:

1. Tu empresa fija el calendario de vacaciones y lo da a conocer (el artículo no distingue si son obligadas o no).
2. Tú sufres una baja distinta a las del segundo párrafo (embarazo, parto, lactancia, etc.): es una baja médica.
3. Puedes disfrutar las vacaciones tras la baja, antes de que pasen 18 meses.

Espero sea de ayuda.