Duda sobre paga extra en una baja de 4 meses

Estuve de baja cuatro meses, de enero a abril, por enfermedad común. En la paga de julio ya me descontaron la parte correspondiente, pero es que en la extra de Navidad me han vuelto a descontar casi tanto como en la de verano. ¿Esto depende de los convenios (convenio de las químicas), o no tenían que haberme descontado ahora? Considero que la paga de Navidad cuentan los meses de junio a diciembre, y yo me incorporé en mayo. La gestoría me dice que está bien así, pero yo tengo mis dudas.