Declaración de la renta y matrimonio.

Voy a exponer la situación para poder después plantear mis dudas.
Mi marido y yo compramos una casa (hipoteca al 50%) en 2009 antes de casarnos, él ya tenia otra hipoteca anterior de un piso.
En la declaración de la renta de 2010, yo declaré la compra de la casa y él continuo declarando por el piso, en lugar de por la casa nueva a nombre de los 2, porque según su gestor le convenía más de esa forma. Ahora acaba de llegar una carta pidiendo que demuestre que el piso es su vivienda habitual, para lo cual tiene que presentar un certificado de empadronamiento. Él esta empadronado en la casa de los 2 desde 2009 (he de decir que están en distintas localidades). Bien, su gestor le ha aconsejado que se empadrone ahora en su piso y así demuestra que está viviendo en la viendo que declara.
Ahora surgen mis dudas,
¿Esto de empadronarse ahora no puede hacienda ver que claramente es un chanchullo?
¿Puede traernos problemas el hecho de ser ya matrimonio y estar empadronados en distintas localidades?
Aclaro también que somos matrimonio desde sep-2011, y mi otra duda es si a partir de ahora, ya como matrimonio, si seguimos haciendo la declaración individual, ¿el puede estar empadronado en su piso y desgravarse por el y yo empadronada en la casa de los 2 y desgravarme la mitad de la hipoteca? ¿O cómo matrimonio hacienda no permite distintos domicilios y tendríamos que desgravar por nuestra vivienda habitual?