Baja laboral y excedencia

Buenos dias/tardes:
Soy marino mercante, por lo que pertenezco al sector del mar.
En el mes de febrero solicite una excedencia a mi empresa con fecha de 30 de junio, la cual fue concedida.
El problema viene, cuando en mi ultima campaña en la mar, me rompí un dedo. La baja se va a alargar hasta el mes de julio.
Mi duda es si tengo derecho a la baja hasta el día que me den el alta o por el contrario la baja se me acabara el 30 de junio.
Me imagino que también tenga que informar a la empresa, y no se cual sera su respuesta, ya que como en teoría me marcho pues quizá pasen de mi, aunque yo entiendo que el yo pertenecía a la empresa cuando cause baja por accidente laboral.
Espero que me haya explicado bien.
Un saludo