Límites construcción

Este asunto tiene varios matices.
En 1º lugar, si existe una nueva alinación y os piden 5 m de separación, se refiere a los cuerpos alzados sobre la rasante del terreno, es decir si el sótano hubiera estado totalmente enterrado no hubiera tenido problemas y lo nuevo si se hubiera separado la distancia que exigen.
Que lo anterior haya prescrito creo que no os da derecho de entrada a no respetar la separación actual.
Lo que creo que se puede hacer es dejar lo existente y retranquearse los 2 m para estar así a 5. La mala noticia es que los pilares no se adecuarán a lo existente y al final puede ser más costoso hacer dicha adecuación que demoler parcialmente el forjado y hacerlo desde abajo. Este as`pecto te lo tendría que mirar ya in-situ tu arquitecto.
De todas formas, te recomiendo que un técnico haga una consulta urbanística de la situación y posibilidades de tu edificación, ya que al tener esta salvedad pudiera tener alguna salida alternativa o incluso otra peor como una demolición del exceso, ya depende de lo exigente que sean en el ayto.

Primero te recomiendo que hagas la pregunta directamente en el ayuntamiento, puesto que las normativas son municipales y pueden tener excepciones que yo desconozca.
En segundo lugar puedo explicarte cómo funcionan estos casos en las situaciones normales. Las obras ejecutadas según un determinado plan no son normalmente susceptibles de ser derribadas por la aprobación de uno nuevo. Esto quiere decir que puedes construir encima de tu parking pero que tendrás que dejar los 5 m que piden actualmente, puesto que la construcción que hagas ahora es nueva y tiene que cumplir con la normativa actual.
Además tienes que tener en cuenta si otras condiciones han cambiado. Te pongo un ejemplo. Imaginemos que en el plan antiguo te dejan construir 200 m2 pero que el parking cuenta como sótano y no afecta. Eso quiere decir que podrías construir una casa de 200 m2. Pero imagina que en la normativa actual, por el 1 m ese que comentas que sobresale, el parking ya no cuenta como sótano. O que los sótanos cuentan en la superficie total. Entonces sólo podrías construir una casa de 100 m2. Con esto quiero decir que aunque la construcción ya sea existente y por tanto no te obliguen a separarla 5 m (el parking), al hacer el cálculo total sí se tiene en cuenta que existe y se le aplican al total todas las normas actuales que le puedan ser de aplicación (en el ejemplo que te había comentado, la edificabilidad total).
Pero sin duda donde pueden ver más concretamente tu caso y donde conocen mejor las normativas es en los servicios técnicos municipales. Y puedes pedir cita con el arquitecto municipal y que te resuelva todas estas dudas, en aplicación de las normas específicas.

Disculpa la demora en la respuesta, debida a las vacaciones. Quizá tu duda haya sido ya resuelta.
La normativa actual es la que rige para la nueva construcción que se quiera hacer, ya que esta debe llevar su proyecto y pedir su licencia ahora.
El parking ya existente se quedará donde está, y sobre él se asentará la nueva construcción.
Dado que se trata de un pueblo (donde suele haber más flexibilidad), puedes comentar con el arquitecto municipal la posibilidad de mantener la anterior alineación, por si pudieran hacer una excepción.

Habrá que ver qué prevé el plan urbanístico para las edificaciones anteriores y su ampliación.
Lo habitual (puede ser muy diferente en su caso, en función de la normativa) sería que el sótano se admitiese tal cual está y se pudiese edificar sobre el mismo dejando el retranqueo actualmente vigente de 5 metros.
Habrá que prestar especial atención a lo que diga la normativa urbanística sobre las edificaciones anteriores que quedan fuera de ordenación cuando entra en vigor, cómo computa la edificabilidad de semisótano y las especificaciones sobre aparcamientos.
Quizá sea aconsejable que usted o su arquitecto consulte con el arquitecto municipal cómo están informando respecto a esos temas.