Si. Si se vende a pérdidas, no hay base imponible ni hay hecho imponible, es injusto pagar si se ha vendido en menos de lo que se compró.
Tienes 4 años para reclamación de ingresos indebidos, y justificando con las escrituras de compra y de venta que no has tenido ganancia en la venta, puedes interponer la reclamación. Supongo te la denegarán, recurres en reposición y también te la denegarán y acudes a los Juzgados de lo Contencioso-Administrativo y te lo concederán, y el Ayuntamiento tendrá que acatar la sentencia