El topógrafo nos ha medido una finca que había discrepancias en las medidas yo tengo un 26% y ellos 74%.

Depende de como sea el topográfico, es decir, si se han tenido que coger muchos más puntos en un sector de la finca porque el terreno así lo exigía mientras que el otro sector era mucho más sencillo. De todas maneras si son similares, lo correcto es por porcentaje

Lo que planteas es lógico, no va a pagar lo mismo el propietario de 500 metros, que el que tiene 5.000, pero se debería quedar claro antes de realizar los trabajos, y tener en cuenta que el coste de desplazamiento sí que debería abonarse a partes iguales.