Sí, las preguntas pueden ser eliminadas por su autores en cualquier momento, y esto es lo que ha pasado en tu caso - coincidió que en el momento que tú estabas respondiendo a una pregunta, su autor la eliminó.
Entiendo que sea molesto porque te has esforzado a responderla, pero es así como funciona el sistema. Como dices tú mismo, entiendes que exista la posibilidad de eliminar las preguntas por parte del autor, lo que, como consecuencia, en algunas ocasiones puede llevar a que tu respuesta, por muy buena y elaborada que fuera, se quedara en tu borrador.
De la misma manera, si respondes a una pregunta y el autor (y/u otra gente de comunidad( la valora muy bien, si el autor posterioramente decide a eliminarla, pues se eliminará junto con tu respuesta y perderás los puntos recibidos.
Personalmente, creo que es un pequeño fallo del sistema (pero únicamente es mi opinión personal y no sé si technicamente serían posibles las modificaciones), ya que los expertos pierden los puntos por las respuestas que han sido valoradas. Pienso que si es que los consejos de un experto han auydado a alguien, los puntos, a pesar de que el autór haya eliminado su pregunta, deberían de mantenerse en la cuenta del experto. Pero, como he dicho, quizás haya algunas limitaciones technicas u otras razones que no sea así.
Por otro lado, si tu respuesta recibe una valoración negativa, y el autor elimina la pregunta, entonces tus puntos negativos también se eliminan, lo que, sin duda, no desagrada a ningun experto :)
De todos modos, la mayoría de las preguntas no son eliminadas por sus autores y las incidencias, como la tuya, no son frecuentes y por tanto, creo que no debería de influir en el deseo de auydar a los demás con tus consejos, en esta página.