Por que mi hijo de 3 años no entiende cuando le ordenó hacer algo?

Claro, como dice Rober... no te entiende, porque hay alguna dificultad fisiologica o psicológica... o porque realmente... no le apetece/interesa? Es lo primero que has de descartar.
Los 3 años, es la llamada primera adolescencia, donde el niñ@ se reafirma y autodetermina y están con el "no" en la boca y la rebeldía a cuestas siempre... Si bien es cierto, la forma en la que lo hayamos educado, si somos firmes o no con las normas básicas en casa, si él tiene todas sus necesidades alimentarias, afectivas y atencionales cubiertas... va a yudarnos a hacer más liviana o no... esta fase... porque cuando los niñ@s necesitan algo... tienen a tener conductas menos deseadas y si obtienen respuesta... aprenden que ésa es la forma de funcionar el mundo.
Puedes ofrecernos más información y podremos seguir ayudándote.

Y si le mandas ir a por un helado o una bolsa de golosinas, ¿entiende?