Primero, los antibióticos se usan durante un determinado número de días, a veces sólo dos o tres, a veces más, como en tu caso; depende básicamente del antibiótico empleado. Como te dije, debe seguirse el tratamiento hasta su final previsto, aunque cesen los síntomas antes. El que te han recetado (la nitrofurantoína —el otro nombre es la marca comercial— es eficaz contra cepas de Escherichia coli que son resistentes a otros antibióticos, así que debe resolver tu infección limpiamente.
Escherichia coli es la bacteria más frecuente en las infecciones del tracto urinario inferior (uretra, vejiga) y es frecuente también en las del tracto genital inferior (infecciones de vulva o vagina). La nitrofurantoína se suele usar para esas. Hay que suponer, sin otros datos, que tu infección es de esas, pero no cuidarlas puede facilitar otro tipo de infección. Es más grave la llamada «enfermedad pélvica inflamatoria», que es la infección de lo que hay más adentro, como las trompas de Falopio; no suele ser producida por Escherichia coli, ni tratada con nitrofurantoína. La enfermedad pélvica inflamatoria sí que puede influir en la fertilidad, sobre todo si se repite o se hace crónica (continuada). Veo por ahí que aumenta la infertilidad cuatro o cinco veces respecto a quien no la ha padecido, pero sigue siendo una minoría (una de cada cinco o seis de esas) las que pueden tener el problema. Tu médico tiene razón en que te lo debes tomar en serio —y mantener una buena higiene, y curar las infecciones que se puedan ir produciendo— pero si le preguntas seguramente te dirá que no tienes motivos para alarmarte.
Te comento que no soy médico, sino biólogo; he consultado varias revisiones muy recientes en revistas médicas antes de contestarte, pero es el médico el profesional en el que tienes que confiar. Si se te plantean dudas, es importante que se las comentes a tu médico, en ésta y en toda otra ocasión en que tengáis un problema de salud tú o las personas a tu cuidado. Estoy seguro de que te irá bien con tus planes de maternidad (no corras demasiado, que para los niños son mejores los padres suficientemente maduros).