Estando de baja y habiendo solicitado reducción de jornada laboral, pueden tramitar ésta ? O han de esperar mi reincorporación

Desde hace tres años soy indefinido en un centro sociosanitario. Estoy padeciendo mobing desde hace dos meses y por la misma presión solicité reducción de jornada laboral. Ahora me encuentro enfermo y pendiente de una operación y necesitaría coger la baja laboral. El caso es que la empresa verbalmente ya me a notificado que el 1 de abril se hace efectiva mi reducción . Si ahora me dan la baja, ¿el cambio de contrato lo pueden hacer igualmente? O deben esperar a que un facultativo me de el alta médica, porque puestos a escoger y después de todo lo que me están haciendo prefiero estar de baja con el contrato actual.