Falta bootmgr en Windows 7

Buenas, intentaré explicarme lo mejor posible:

Tengo un PC con un XP "custom" (Illusion v3), Win7 Ultimate y Ubuntu que funcionaba sin problemas, me salía el grub y podía cargar todo perfectamente.

Fui a una lanparty en la que me compré un disco duro de segunda mano, un Western Digital de 2Tb que "testee" allí mismo a base de petarlo con 1Tb de cosillas varias y no me dio ningún problema.

Al volver de la lanparty el pc empezó a ir a golpes, ya estuviese jugando o simplemente escuchando música y navegando, a cada rato se quedaba pillado durante unos segundos, problema que fue en aumento hasta que llegó a quedarse totalmente bloqueado teniendo que resetearlo, y la segunda vez que hice esto ya no volvió a cargar el grub ni nada, me salía el dichoso mensaje "falta bootmgr blablabla".

Probé a repararlo con el dvd de win7, la primera vez no encontraba ningún sistema operativo pero hizo algunos cambios y me pidió reiniciar, y la segunda vez que fui a reparar ya me salía el Win7, lo quise reparar y me salió con que ya estaba arreglado, pero el error seguía apareciendo.

Nuevamente arranqué con el dvd y ejecuté mediante el símbolo del sistema el bootrec.exe.

Los comandos /ScanOs y /RebuildBCD no encontraban ningún sistema operativo pero tampoco daban errores, y los comandos /FixMBR y /FixBoot supuestamente se ejecutaban correctamente, reinicié y dejé pasar el mensaje de arranque del dvd, para que arrancase desde el disco duro y volvió a la vida, me salían los dos windows y cargó el 7 correctamente, entonces quité el dvd, reinicié y otra vez el error de los coj****.

Cada vez que quiero iniciar windows tengo que tirar del bootrec primero y ésto no es vida.

¿Que le pasa?¿Como lo arreglo?

El formateo es una opción pero si hay otras me gustaría saberlo.

Gracias de antemano y perdona por el tocho.