Me he dado cuenta de que ha aumentado la frecuencia con la que ciertas articulaciones truenan

Además de un trabajo sedentario, ¿haces algún tipo de ejercicio? Esa crepitación articular que comentas puede estar provocada por una falta de movimiento habitual. No se tu edad, ni tus hábitos, pero quizás tendrás que empezar a ejercitar de laguna manera esas articulaciones. Algo de ejercicio, portenciación muscular, elongaciones, etc... Tampoco te iría nada mal que tu consumo de agua fuera más abundante (del orden de unos dos litros diarios) para lubricar bien los tejidos.
Quizás no tenga mayor importancia, pero puede que como lo dejes, al final esas crepitaciones vengan acompañadas de dolor y mayor desgaste.