Falso autónomo

Tu caso es muy habitual y muy sencillo de ganar. Si te vas a ir de la empresa, o antes si quieres, tienes que poner una demanda de reconocimiento de la relación laboral. Ésto al menos te servirá para cobrar los días de vacaciones en el finiquito. Si no has facturado a nadie más que a tu empresa entonces también les puedes reclamar la devolución de tus cuotas de autónomo. A tu favor debes tener pruebas de la relación laboral, que demuestren la ajenidad y la dependencia. La ajenidad, entre otras cosas, es que tu cobrabas al menos una parte en fijo, independientemente de los resultados de la empresa, aunque este fijo fuera por hora de trabajo, por servicio y aunque cobrarás también una parte en variable dependiendo de las ventas. La dependencia se demuestra por el sometimiento a la empresa: horario, material de la empresa, oficinas de la empresa, recibir órdenes.
La mejor prueba a tu favor es que antes fuiste laboral haciendo las mismas funciones.
¿Documentación? Toda la que puedas que demuestre cualquier cosa de las que te dije antes: los ingresos en el banco, tus facturas, cartas o emails de la empresa, y también te sirven testigos...
Te aconsejo que pongas tu caso en manos del servicio jurídico de un sindicato.
Una vez que ganes el juicio y la sentencia sea firme te vas a inspección de trabajo para que les cobren la cotización de los 4 años anteriores a la demanda y aparezca en tu vida laboral.
Si te vas no lo dejes pasar. No te preocupes porque hayas firmado un contrato mercantil porque hay mucha jurisprudencia que dice que las cosas son lo que son y no lo que las partes dicen que son en un contrato.

Muchas gracias por la aclaración me has sido de mucha ayuda, ¿de todas formas yo podría reclamar el finiquito normalmente como si estuviese en plantilla fijo? ¿Cómo lo calcularía?
Gracias

Lo demanda que pondrías sería una reclamación de cantidad, en la cual le pedirías la devolución de tus cuotas de autónomo y el mismo finiquito que cobrarías si fueras empleado por cuenta ajena y te fueras por baja voluntaria. Al ser baja voluntaria cobras lo que te debiera de pagas extras y vacaciones no disfrutadas (o disfrutadas pero no cobradas, como será tu caso), pero no cobras indemnización por despido, así que da lo mismo que fueras indefinido o temporal. Pero ten en cuenta que al haber estado de falso autónomo, si puedes demostrarlo es lo mismo a todos los efectos legales que si hubieras sido indefinido.
El finiquito te lo calcularán en el sindicato. No te aconsejo que lleves solo este proceso.