Guppys

No hay nada seguro e infalible sobre el comportamiento animal, así que no te preocupes si nadan contra la corriente del filtro, es posible incluso que lo hagan porque es allí donde encuentran agua más oxigenada y limpia. Te recomiendo que midas muy a menudo los niveles de electrolitos (pH, nitritos, etc.) y hagas un test de materia en suspensión. Este test consiste en medir el polvo que flota en el agua y es algo complicado, pues requiere instrumental un poco especializado. Lo que debes hacer es ver si se queda la comida o la arena del fondo (si tienes) en el filtro. Es muy posible que se trate de eso: demasiada materia suspendida en el agua. Si es así, los peces pueden agotar su energía más rápidamente nadando, acelerarán su metabolismo y, por tanto, necesitarán más comida, lo que agravará el problema. Lo que también puedes hacer es colocar un difusor del agua (para que no salga en chorro, sino por varios lugares a la ver y, por ello, más lentamente) o esconder la salida de la misma entre piedras: para que te hagas una idea, así los peces no tendrán que nadar contra un chorro de agua limpia (que probablemente es lo que quieran), sino contra un aspersor, que les dará lo mismo sin que hagan tanto esfuerzo.
En cuanto a tu otro problema, las manchas blancas las tienen algunas variedades de guppys; aunque les hayan aparecido de repente, no se trata de ninguna enfermedad de hongos, como tu muy bien has dicho, porque son uniformes. SÓLO si en esas manchas aparecen además puntos negros o verdosos o si la zona se inflama, deberás consultarlo con un veterinario. Aunque te puedo asegurar que no se trata de ninguna enfermedad. Quédate tranquilo.
Bueno, para despedirme, les deseo mucha salud a tus guppys a los que, poco a poco, voy conociendo con tus preguntas. Y un consejo: no te preocupes tanto por ellos, son animales resistentes y no les pasará nada mientras no los descuides demasiado.
Un saludo para ti (y para tus guppys!).
CarFerGar