Impuestos de un negocio.. ¿Cómo se paga?

¿Mi pregunta es quizás muy ignorante pero quiero saber como se pagan los impuestos de una empresa? Me refiero de lo que factura en un año -- ejemplo--1 millón directamente se le saca por porcentaje en impuestos y con lo que queda del resto se saca por porcentaje para que siga funcionado la empresa(coste de la materia prima, marketing, ¿empleados etc etc) y luego de lo que queda se divide entre el porcentaje de los socios? ¿O primero se saca el porcentaje para que siga funcionado la empresa y luego el porcentaje de impuestos y luego para lo socios? ¿Se entiende mi pregunta?

Espero que si... Un abrazo