Debo salir del territorio schengen si mi permiso de residencia esta en proceso, ¿Pero se agotaron los 90 días de visa schengen?

Soy hondureña y el 28 de Febrero cumplo los 90 días permitidos en alemania sin visado ni permiso, sin embargo no he podido tramitar mi permiso de residencia pues del banco aun no me habilitan la cuenta bloqueada, si tramito el permiso de residencia temporal por estudios y durante ese proceso expiran estos 90 días,¿tendría qué salir del territorio schengen? Y esperar a tener mi permiso para regresar. En la oficina de migración dicen que dan un comprobante de que el permiso esta en proceso. ¿Pero no se si este solo cuenta dentro de los 90 días permitidos por la vida schengen?