Formateo de disco duro con dos instalados

Quería hacerte una consulta:
Tenía un disco duro Sata de 500 G instalado pero se me estropeó y lo lleve a la tienda y como estaba en garantía me lo cambiaban, pero tenía que esperar unos diez días. Entonces mientras me lo traían instalé un disco que tengo de 80 G pero que no es Sata, le instalé el sistema operativo y funcionaba bien. Luego cuando tenía el disco de 500 lo monté como disco de almacenamiento y en el de 80 tenía el sistema operativo instalado. Después he instalado el sistema operativo también en el de 500 y lo que quiero hacer es dejar el de 80 sólo para disco de almacenamiento de datos, pero lo que pasa es que no me deja formatearlo, entro en el administrador de discos pero me sale un mensaje que dice que no lo puede formatear ni eliminar. Te agradecería que me dieras alguna indicación para resolver el problema.
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Bien presupongo que tienes Windows XP, si tienes otro s.o. sería muy parecido.
Accede a Panel de Control
Herramientas Administrativas
Administrador de equipos
Administrador de Discos
Verás los discos que tienes instalados. Haciendo botón derecho con el ratón podrás formatear y quitar la partición del disco.
Si desde aquí tampoco puedes prueba de hacerlo con el FDISK de siempre, lo encontrarás en c:\windows\command 
Y por último algunos ordenadores tienen la opción de realizar un formateo físico desde alguna utilidad incorporada en el POST. Para comprobarlo entra en el pulsando la tecla que te indique el arranque, habitalmente F1, F10 o ESC
Hola, he hecho lo que me dices de entrar al administrador de discos, botón derecho y formatear pero me sale un mensaje que dice; "Windows no puede formatear la partición de sistema de este disco". En cuanto a lo de entrar en linea de comandos y el POST no se como se hace, la verdad es que mis conocimientos son bastante limitados. Creo haber leído por ahí que al tener dos sistemas instalados en dos discos duros, cuando quieres formatear el primero en el que instalaste el S.O, que en mi caso es el de 80 gigas, windows no te deja porque ese es el que tiene unos archivos o sectores de arranque o algo así. En fin no sé, había pensado también que a lo mejor con un programa como el Partition Magic sería más sencillo hacerlo. Por cierto el sistema operativo que tengo es el Vista Home premium.
-Adiós-
OK. No puedes formatear un disco que ha sido el que has utilizado para arrancar el ordenador.
Debes conseguir que el disco de 500 Gb sea el que arranque el ordenador. Para ello lo debes configurar como Master y el de 80 debe ser Slave.
Para esta configuración busca en internet el modelo de disco y seguro encuentras como hacerlo. Una vez arranque el de 500 Gb podrás formatear el de 80 Gb.
Si tienes más problemas dime los modelos exactos de los discos y el modelo de ordenador.

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