¿Entrar en España solo con NIE comunitario?

Mi madre tiene residencia comunitaria con motivo de concesión familiar, le toca renovar el NIE el 31 de octubre pero esta en Colombia desde hace 2 años y 2 meses, ahora para viajar a España le dice la aerolínea que ya no puede viajar con el NIE y su pasaporte colombiano en vigor, porque al permanecer más de 2 años por fuera a perdido su residencia en España, ¿esto es así? ¿O ella si tiene derecho a viajar a España y las autoridades aquí ya decidirán si renuevan su residencia o no?

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