Días laborables y de trabajo

Cuando se habla de día "efectivamente trabajado", básicamente quiere decir día que realmente has asistido al trabajo. En el caso de día laborable, se entiende como aquellos recogidos en el calendario laboral del convenio como tales. Al interpretar el texto del artículo concreto, si se podría diferenciar el uno del otro, y entender que el "incentivo" se abonará incluso en días en los que, por algún motivo justificado, no se acuda al puesto de trabajo. Eso sí, siempre que no se trate de una prestación que dependa de una base de cotización (como una IT en la que el calculo de la base lo incluye todo), o como comentas en unas "vacaciones", donde normalmente, en convenio colectivo, se indica espresamente que complementos, aparte del salario base, se incluyen para su cálculo.
En resumen, si consultas el convenio, casi seguro que te aclara si el "incentivo" entra dentro del cálculo para las vacaciones. Y con respecto a si se aplicará dicho incentivo un día laboral por calendario, pero que el trabajador no haya asistido, seguramente la empresa hará la una interpretación distinta a la del trabajador afectado.