Reducción de jornada y baja IT

Mi pregunta es muy concreta, pero para ello debo explicar unos datos con bastante claridad para que me puedas contestar.
El 11 de Diciembre de 2008 tuve a mi hijo y la baja maternal duro hasta el 01/04/2009. En el mes de marzo solicito una reducción para mi nueva incorporación, la cual es aprobada pero con un horario distinto al que yo solicito, que no estoy de acuerdo y denuncio. Desafortunadamente tras la baja maternal no me puedo incorporar por depresión prostorparto y el 02/04/2009 cojo la baja por IT, es decir no me incorporo al trabajo, pero ellos me pagan las nominas al 50 % como si estuviera de reducción toda la baja IT. ¿Es correcto? Nunca me incorpore a la empresa y creo que no se podía hacer efectiva la reducción y ademas no habíamos llegado a ningún acuerdo, si ellos alegan el documento que yo les envíe para solicitar dicha solicitud pero en ese documento indica otro horario distinto al de la sentencia y al solicitado, en ese periodo entiendo que estábamos de negociaciones. Otra duda es que cuando coges la baja se fija el importe de la nomina anterior. Bueno espero que me puedas contestar.