Nomina IRPF

Buenas tardes, haber si me puedes ayudar, ¿un trabajador de una empresa cobra un neto de 1000?. Tiene un contrato de duración determinada con lo cual el mínimo que le corresponde de retención es un 2%. Ahora la gran duda, ese trabajado, si nos olvidamos de ese neto fijo, ¿cobra según convenio más de 1000? Netos (y con la misma retención del 2%), ¿pero claro si le incrmentas la retención de IRPF xj a un 12% se le puede mantener ese neto de 1000? ¿Y en la nómina aparecería un complemento para alcanzar esos 1000?.
¿Esto es legal? ¿Se puede la empresa de esta forma evitarse el pago de atrasos?
Es bastante lioso pero sobre todo me interesa saber si está dentro de lo legal.
Gracias.