Indemnización

Hola joseaf2! El otro día en C.C.O.O. Me calcuraron: días de vacaciones que me debe la empresa, pagas extra de verano, navidad, los días de sanción por no comunicarme con antelación el despido, y la indemnización, y de la cantidad que salio de todo ello me deducieron el IRPF 2% (porque el contrato era por menos de un año) y también me deducieron la Seguridad Social, mi pregunta es; el IRPF se tiene que deducir de todos los conceptos que te he mencionado, o las pagas extras no entran, ¿por qué creo que sobre la cantidad de la indemnización tampoco se puede deducir el IRPF no? ¿Y de la Seguridiad cuanto me han deducido? Es que no entiendo los números, Muchísimas gracias! Ando un poco perdido en estos temas. Atentamente.