Irpf y s.s

En el mes de marzo 2007 gane un juicio y se considero despido improcedente, la empresa opto por readmitirme y el juzgado de lo social me consigno los salarios de tramitación por 5400 euros que cobre en efectivo.
Ha llegado el mes de julio y la empresa ha pagado la seguridad social y el irpf como creo que le habrá reclamado tanto hacienda como la seguridad social.
Pero la empresa me ha mandado un burofax diciéndome que tengo una deuda con ellos por estos dos conceptos, vaya que quiere que pague yo el irpf y la seguridad social y que si no lo hago en 7 días me llevaran a juicio.
Me he leído el articulo 104.1 de la Ley General de la Seguridad Social y entiendo de este articulo que la responsable es la empresa y que debería haberlas descontado en el momento de hacer efectivas las retribuciones
También el art 82 del IRPF habla al respecto del mismo y en ella hace mención que son las entidades que abonen rentas y los retenedores los que están obligados a hacer dicho ingreso.
¿Qué debo hacer?