Ampliación de vivienda no escriturada

1- (Si se llega a poder, que no es seguro) lo que necesitas es un expediente de legalización, no son demasiado caros (aunque los honorarios de los arquitectos son libres) y puede equivaler al proyecto (sin dirección) de la parte a legalizar, que siendo 40m² no es demasiado.
2- La parte superior te la podrán tasar por coste de construcción, pero con una advertencia de que no está registrada y otra de que se usa como vivienda, y si es ilegal con un condicionante. Si está registrada como otra cosa (por ejemplo trastero), por coste de construcción, y una advertencia de que se usa como vivienda.
3- Si es ilegal pueden multarte y reclamarte que o lo legalices (si se puede) o que lo demuelas (si no se puede legalizar); adicionalmente pueden retirarte la licencia de primera utilización de la vivienda.
4- Pasados 5 años (normalmente) no te obligarán a demoler. Esto depende de la legislación de cada caso, de donde esté situada, de si hay denuncias previas, etc. por lo que no te fíes del todo, si alguien denuncia antes de que pasen 5 años aplícate lo de la respuesta 3.
En todo caso aún pasados esos años la parte ampiada quedaría fuera de ordenación (no se legaliza automáticamente nada)

Lo primero de todo es saber si el duplex pertenece a un bloque de viviendas. Si es así ten en cuenta que para escriturar o declarar la parte de arriba tendrás que contar con el consentimiento de todos los vecinos, dado que estas variando el coeficiente de propiedad de la vivienda, No es tan fácil, ademas necesitaras un certificado del ayuntamiento conforme acceden a declarar unos metros de más en la edificación, lo miran por densidad de metros construidos en la zona, esto ultimo es más fácil dado que si todos los vecinos acceden el ayuntamiento no suele poner problemas. El tema que te dice de los 3 años es a favor del constructor no tuyo, dado que son los años que a el le pueden reclamar no a ti. Lo de la tasación si no esta declarado no te lo tasaran, yrespecto a lo de abajo es tu banco quien tiene que negociar con la casa que tase para que le otorguen el máximo posible. Y respecto a la opción de compra es lo que tu pactes a la hora de hacer el contrato. No existe ninguna cantidad estipulada para ello. Antes de escriturar comprueba lo que te digo de la parte de arriba, que con solo un vecino que no aceptase no podrías hacerlo.
Una opción es si no se ha escriturado ningún piso que el promotor pusiese una clausula en la escritura de venta de todos los pisos conforme aceptan la compra aceptando que se procederá a una ampliación de metros de tu piso, pero creo que esto no querrá hacerlo por lo de los 3 años.