Tengo un quiste en una raíz de una muela, ¿Me tengo que preocupar?

No te tienes que preocupar pero sí buscar un otro odontologo (mejor - especializado en endodoncia y con experiencia) para que te arregle la muela. Ese quiste puede ser el resultado de la misma infección, y lo único que te han de hacer es tratar la infección que está en los conductos, o sea hacer una endodoncia.

Una endodoncia mal hecha sí que puede, tal y como dice el otro experto, ser un fuente de infecciones, por eso es importante elegir un profesional que sí sabe hacerlo.

Si después de la endondoncia te duele (bueno, cierta sensibilidad es normal unos días, pero no un dolor agudo).

HUYE de los odontologos que por una infección quieren sacarte un diente. Lamentablemente, con la llegada de los implantes, muchos dentistas lo promocionan como algo muy beneficioso, cuando en muchos casos el diente sí puede ser arreglado (sin un coste tan elevado y el riesgo que tienen los implantes).

Las endodoncias sólo causan infecciones, la puedes curar con un imán, lee las paginas 6 y 31 de http://librosdesalud.es/100-libros-de-salud-en-1.pdf

Si tienes un quiste en la raís de un diente ya tratado endodonticamente, podemos pensar en distintas cosas. Primero, en cuál fue el diagnóstico inicial de ese diente, o en otras palabras, porqué se hizo una endodoncia en la muela. Si es que ese tratamieto se hizo ya que tenías ya una lesión en la raíz, entonces podemos pensar que el tratamiento fracasó ya que la lesión se remitió.
Segundo, si esa lesión no estaba ahí cuando te hicieron el tratamiento de conducto, entonces esta apareció después. Esto puede ocurrir por distintas razones, como por ejemplo, que el irrigante que se utilizó no pudo eliminar todas las bacterias, que la técnica no se hizo bien, que hubo una lesión de caries posterior, etc.
Tercero, puede que hayas tenido una lesión más grande en un comienzo (antes del tratamiento de conducto) y ésta a remitido.
Cuarto, puede que no sea un quiste, puede que sea una cicatriz. Puede confundirse a veces, por eso es importante que la radiografía la analice un radiólogo especialista.
Es un poco aventurado dar un diagnóstico o posible tratamiento sin haberte evaluado, pero por lo que comentas, yo en ningún caso pensaría en sacar la muela. Esa es la última opción.
Primero se puede intentar un retratamiento, es decir, hacer la endodoncia nuevamente. Segundo, consultar con un radiólogo para que determine si esa lesión es efectivamente un quiste o bien es una cicatriz. Y hay otras opciones, pero creo que deberías consultar con un especialista en endodoncia.
Suerte