Retraso de dos meses y medio, ¿Posible embarazo o problemas hormonales?

Hace dos meses y medio que a mi novia no le ha bajado la regla, hemos tenido relaciones con protección, no se nos ha roto el condón ni se ha quedado dentro de su vagina, siempre nos protegemos, aveces solemos practicar sexo con ropa es decir simulo penetrarla pero con ropa, y he leído que los embarazos son imposibles de este método, cabe recalcar que mi novia es muy irregular y sufre de ansiedad y estrés todo el tiempo debido a los fuertes problemas familiares que tiene, y hace como semana y media le bajo la regla solo un día y después ya no, eso se nos hizo raro pues creímos que le bajaría normalmente, pero ya nos preocupamos pues no le baja normal la regla, ya de hizo dos pruebas de embarazo de esas de orina, y salieron negativas, entonces ya no se que pase, necesito que me ayuden por favor, ¿qué podría ser?