¿Dolor por conjuntivitis papilar gigante?

Veréis, llevo ya 8 años usando lentes de contacto, y desde hace un año sufro conjuntivitis papilar (según mi oftalmólogo, en un grado aún "reversible").

Cuando me la diagnosticaron, estuve como 5 o 6 meses sin usar lentillas, para ver si remitía, tras los cuales comencé a usar una nueva marca, y durante aproximadamente un mes me fue bien.

Posteriormente volví a tener muchas molestias, así que hasta día de hoy las uso solo en contadas ocasiones.

Dejando todo esto a un lado, mi pregunta es si, en las ocasiones en las que me la pongo, realmente el usarlas (tolerándolas, claramente; si me molestan me las quito, pero mientras vaya bien, puedo aguantar 5 o 6 horas) tiene consecuencias para el ojo, porque a veces me duele.

Por decir números, 2 de cada 3 veces que las uso, al siguiente día de ponérmelas (o durante la noche) tengo cierto dolor (en uno u otro ojo, aunque generalmente en el derecho), a pesar de que durante el tiempo de uso no me dolió, ni tuve enrojecimiento del ojo ni nada.

¿A qué puede deberse?