Que es un software version profesional y que diferencia tiene al resto de versiones

En general depende mucho del software del cual se habla. Pero básicamente puede ser un simple juego de palabras, como Professional (Pro) o Premium.
En teoría, un programa con versión profesional podría tener contenido hacia recursos, características u opciones que otras versiones no poseen. Ejemplo: El software Bandicam, que sirve para grabar el escritorio o juegos, tiene dos versiones. Uno es gratuito y el otro es de pago. La versión de pago desbloquea la posibilidad de quitar la marca de agua de los videos o fotografías.
Otro ejemplo, SystemNinja, que sirve para limpiar el sistema, como CCleaner. La versión de pago (Pro) incluye características como actualizaciones automáticas, edición portable (sin instalar nada) o su opción "Optimizador del Sistema con un Clic".
En resumen, depende del programa, pero espero que me haya explicado.

Siento decirte que cada software es diferente. Normalmente suele tener más características en la version profesional. Así que si me puedes especificar de que software quieres saber, podre resolver tus dudas.

Siempre es mejor un software de pago. El porque es básicamente porque hay gente detrás para darte su soporte, sus personalizaciones. Al final te ganas la vida de esto y dar un buen servicio técnico te hace más competitivo. Por ejemplo un software para servicio técnico puede ser SATB2C.