¿Por qué regla oscura tomando anticonceptivos?

Llevo tomando pastillas donabel hace 3 meses, me las tomo cada mañana sobre las 7.30 y no he tenido ningún olvido NUNCA.

El caso, es que tuve relaciones al terminar la segunda caja, ya que, llame a la ginecóloga y sin ningún problema podía mantener relaciones sexuales tomando anticonceptivos incluso en los días de descanso. Al terminar toda caja me viene al 2 o 3 día, y al terminar la tercera caja (voy por la 4 hace una semana), al segundo día me vino la relga pero un poco escura me duro 3 días y medio, pero no muy fuerte y sobretodo era regla oscura como granate oscuro tirando a marrón. ¿Es regla? ¿A qué se debe?