Respeto el criterio, del compañero Alberto Pozo y creo que es una opinión razonable, pero que mirando la foto ampliada, creo que hay alguna alternativa mas.
Si actualmente no tienes problemas de humedad, tal y como están colocadas las bases de la baranda, no los toques. Coloca las baldosas encima del pavimento actual recortando las de las bases. Cuenta con el grueso que necesitas para librar las cabezas de los tornillos cuando coloques el pavimento.
Cuando apliques la borada, no lo hagas entre la baldosa y la base y vigila que tampoco quede material de agarre. Estos puntos deben quedar libres de material. Deben rellenarse y sellarse con masilla de poliuretano, la hay de diferentes colores, usa la que mas se asemeje al tono del pavimento.
En un bote introduce agua y jabón concentrado. Mojando los dedos, moldea la masilla para que te quede una media caña perfecta. En el caso de que el contorno se manche de masilla, puedes limpiarla con toallitas húmedas de las que venden para baño.
Observo que la base de la foto, dispone dos tornillos que sujetan el pilar donde se fijan los traveseros horizontales de la baranda. Saca el tornillo de la parte baja en caso de que te quede por debajo o a ras del nuevo pavimento. Cuando termines, haz un nuevo agujero un par de cms mas arriba y vuelve a colocar el tornillo. De este modo si un día has de sacar la baranda, solo tienes que sacar los tornillos, que es como lo tienes actualmente. En el caso de colocar en el futuro una baranda metálica, te sirven las mismas bases.
Es una alternativa mas, expuesta de buena fe y sin menospreciar las opiniones que puedan tener otro compañeros.