Un escáner y su disco de instalación/Drivers. Ese disco también tiene utilerías para escanear, sino lo tuviera...
Un programa gestor de imágenes. Casi cualquiera tiene la opción de "adquirir imagen" (Obtenerla del escáner). Una opción gratuita y portable es XnView, una opción de pago es VueScan pero compatible con casi cualquier escáner y muy practico para escaneos en lote.
Un programa para crear PDF, si ese será el formato final. Existe la opción de Adobe Acrobat (muy cara) y muchísimos impresoras virtuales que en vez de imprimir, te crean un PDF. Opcion gratuita: http://www.pdfforge.org/pdfcreator