Pasos a seguir para llegar a msdos y desde allí para formatear e reinstalar

Posiblemente sea porque en la BIOS tienes que se cargue el SO desde la unidad C.
Tienes que entrar a la BIOS (al reiniciar el PC pulsa y mantén la tecla SUPR o DEL)
Ahí ve a Bios features setup (puede variar el nombre pero debe decir algo parecido)
Y elige como first boot device la unidad "A" (Como second boot debe de ser C, también en VIRUS WARNING elige disabled. Ahora sal de esa pantalla y ve a sabe and exit, ahora introduce tu disquete de inicio y entraras en modo MS dos (antes te preguntara si deseas compatibilidad con CD, selecciona que si).
Ahí para poder reinstalar primero checa si tu unidad de CD es reconocida (pulsa e: y enter, si lo es puedes ver el CD, te menciono E: porque si tu actual unidad es D:, no sera esa porque el disquete se cargo en RAM y se selecciono como una unidad, la D:).
Ya al hacer eso entra a D: (d: y enter), y elige FORMAT C, así formateara tu unidad C y borrara todo, al terminar te pide el nombre que le asignaras a tu disco duro. Ahora solo introduce el CD de Windows XP e iniciara a instalarlo, si no lo hace cerciorate de la ruta del ejecutable que instala todo (P ejemplo: E:\instalar.exe)
Si esta así solo pon E:, presiona enter y escribe instalar.exe y enter, así iniciara el asistente.
Si tienes una duda pregunta con confianza

Debes iniciar el ordenador con el disquete de inicio dentro de la disquetera. Arrancará en C: allí pones format c: y listo.
Lo de las particioes se puede hacer de varias formas:
1. Cuando está formateando te hace preguntas sobre eso, le puedes indicar cuantas partes quieres hacer y de que capacidad.
2.Una vez formateado con una única unidad, utilizas el programa externo partition magic y configuras el disco duro a tu gusto.
3.Dentro del administrador de discos del panel de control puedes crear las particiones partiendo del disco total ya creado.
Te aconsejo la opción 2 o la 3 ya que son muy sencillas.
Espero haber servido de ayuda, sino, no dudes en preguntar otra vez.

Tu problema puede pasar por dos soluciones pero todo depende un una seria de cirsunstancias como el sistema de arranque.
En cuanto al sistema de arranque puede ser que no tengas escogida la opción en la BIOS de arrancar desde el Disquete. Para esto pulsa la tecla SUPR mientras está encendiendo el ordenador, cuando muestra la cantidad de RAM por ejemplo, entonces busca una opción que pone "BOOT SEQUENCE" como puedes ver aquí:
http://www.i-time.com/reloj2.asp
Y escoger A, C, EXT o por lo menos que sea A, C.
Otra cosa es que el disco de arranque creado desde el windows XP no te sirve para arrancar desde MS-DOS, debe ser un disco creado en un Windows 98 o Millennium. Todo esto lo puedes evitar si vuelves a instalar el WinXp ya que antes de la instalación te pregunta si quieres formatear el disco. Para esto, si tienes el CD, en la secuencia de arranque "BOOT SEQUENCE" escoges CDROM como primera opción y después de reiniciar la primera vez vuelves a cambiarlo como estaba en un principio.
Disco de inicio ms-dos en ntfs
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En el caso de que utilices FAT como sistema de archivos sí puedes generarlo con la opción "Crear disco de inicio MS-DOS" que encuentras al seleccionar y formatear un disquete en Mi PC.
Para NTFS se haría con el procedimiento que pego debajo, pero OJO este disco NO te dará acceso a la carpeta Windows. La solución es instalar la consola de recuperación, con la que sí podrás acceder en modo texto en caso de que el sistema no arranque.
Creating a Boot Disk for an NTFS or FAT Partition http://support.microsoft.com/support/kb/articles/q119/4/67.asp
Descripción de la consola de recuperación de Windows 2000 http://www.microsoft.com/IntlKB/Spain/E229/7/16.asp
Pero no te compliques la vida, te recomiendo la opción de reisntalarlo desde cd ya que es la más sencilla y rápida.
En cuanto a lo de dividir, tienes dos opciones, antes o después de instalar el sistema operativo.
Para hacerlo antes te puedes leer esta guía completa del comando fdsik:
http://club.telepolis.com/agust/descarga/descarga/usofdisk.pdf
o esta mas sencilla en forma de pantallas, (al fondo):
http://www.baluma.com/bricolaje/montardiscoduro/home2.asp
O con el programa Partition Magic después de la instalación que te permite unir, dividir o redimensionar particiones que te puedes descargar aquí y tiene un uso muy sencillo:
http://download.gotonet.com.cn/pub/win_disktool/PartitionMagic7.zip

Después que ya tienes creado tu disco de inicio, reinicia el computador, debes configurar el arranque de la maquina, es decir, el orden de prioridad de booteo de la maquina (en otras palabras por donde arranca primero). Eso se configura por el setup de la maquina, pones a que bootee primero por el disquete. Luego reinicias y te debe arrancar por el disco de inicio. Para partir el c en dos puedes usar el programa partition magic que es muy bueno, el cual te hace particiones en el disco con el sistema de archivos que especifiques.
A otra cosa, si quieres ahorrarte el trabajo de usar el disco de inicio, el cd de Windows trae arranque por boot, es decir, que para reinstalar el XP pones a tu maquina a bootear por cd-rom y cuando arranca debe arrancar el cd del xp. Puedes formatear, crear particiones y reinstalar el Windows XP. Si el cd no arranca es porque no esta bien grabado.

Bien, una vez que cambies la secuencia de arranque tienes que guardar esos cambios, en el menu de la bios veras algo así como "Sabe changes and exit". Y con el diskette de arranque de windows xp dentro reinicias el ordenador, si no lo ha hecho automáticamente el sistema. Después de que cargue los controladores de sistema dos eso donde tienes que seguir con lo de format c:
Un saludo. Sigo aquí.

Puedes particionar el disco duro en varias particiones, Para arrancar el equipo en MSDOS, y como me dices tines disco de arranque, tienes dos opciones, la primera es arrancar el equipo, entrar a la bios, busca las opciones de arranque le aparecerá como BOOT y hay podrás seleccionar la unidad prioritaria, en su caso desde disquete, luego introduces el disquete y te arrancara desde el. Otra solución es arrancar el equipo y justo antes de que le aparezca la pantalla de windows, pulsar F8, te saldrá una ventana de MSDOS con varias opciones de arranque del equipo, una de ellas es solo símbolo sistema, de este modo arrancara en modo MSDOS.
Para particionaar el disco en varias particiones, tendrás que ejecutar en MSDOS, el comando FDISK, luego crea particiona primaria y luego la extentida, de este modo detrás dos particiones. No es difícil hacerlo.

Puede haber dos cosas que estén pasando una es que en el setup no este configurado para arrancar con el diskette
Para hacer este cambio tienes que resetear la pc y dejar apretado el botón supr o delete y entras al setup
Ahí en la segunda opción hay una opción que dice algo así
first boot, parate ahí y con el botón av pag anda cambiando hasta que diga floppy
Una opción más abajo dice second boot y ahí hace lo mismo hasta que diga ide 0
Listo
Ahora graba el setup y se reinicia y arranca con el diskette puesto
Para particionar el disco tienes que ejecutar fdisk apenas termina de iniciar con el diskette
Seguí las opciones
Cualquier cosa me avisas que te ayudo

Es un poco lioso lo que me comentas.
1.- Ojo con la secuencia de arranque del equipo en el Setup. Te aconsejo que pongas 1 floppy 2 CD 3 Disco. Entonces deberá arrancar con el disquete. Puedes arrancar con el sistema que quieras. Si arrancas con un disquete Win98, por ejemplo, con el propio FDISK, podrás cepillarte la partición y crear 2 particiones del disco (¿quieres partirlo no?). Luego, ya podrás arrancar con el CD del XP directamente, que te irá preguntando el resto.

Si te arrancar de nuevo el XP, y no te arranca desde el disquete, es que desde la opción BIOS tienes activada por defecto que te arranque el disco duro en vez del disquete. Modificalá para que la primera opción de arranque sea el disquete, o el cdrom (si tienes el xp original puedes arrancarlo desde cd), y la última opción que sea el disco duro. Eso si, nunca dejes nada en los cd o disquetera pues te arranca si tienes algo dentro...
Cuando te arranque en msdos, es simple. Un format c:\ y limpias el disco. Reinicias, que te arranque de nuevo el disquete, te reconozca el cdrom y desde el cdrom instalar el windows. Lo demás es seguir las instrucciones de instalarción del windows que no tienen problema.

Lo que tienes que hacer es entrar al BIOS de la pc (con la tecla DEL al inicio del sistema) y poner como booteo de inicio el Floppy, ya que esta iniciando el C como primera opción, ok. Suerte Caco

Lo que tienes que hacer es entrar al setup de la maquina y cambiar la secuencia de booteo, tienes que poner que arranque con la unidad "A" así bootea el disco de inicio y puedes formatear la unidad.