Instalar Ubuntu 12.04 en un disco duro

Intentaré ser lo más claro posible a pesar de ser un poco neófito en el tema. Tengo conectado dos discos duros en mi ordenador. Al arrancar la Bios, me aparecen los dos discos duros, uno tiene una capacidad de unos 140 gigabytes y el otro alrededor de 200G. Al utilizar el programa Acronis para gestionar mis discos duros, me aparecen los dos, el primero el de 140 es el disco duro que venía por defecto en el ordenador, ¿y veo que junto al espacio ocupado por el disco hay como otra partición de 100Mb que si no me equivoco es para poder arrancar desde Windows?. El otro es un disco duro marca Maxtor que compré hace algún tiempo y he utilizado en algunas ocasiones. Bueno, lo que pasa es que en vez de poder arrancar normal desde el disco duro, me sale," NTLDR" is missing y no carga ninguno de los dos sistema operativos que tengo en ambos discos duros(en ambos discos duros tengo windows 7). Solo arranca si introduzco el cd de instalación cualquiera de los dos discos. Supongo que al tener los dos discos como activos, el ordenador no sabe de donde arrancar. He desactivado el disco Maxtor desde Acronis que creo que es como secundario en la bios y arranca correctamente el disco de 140gb. He estado pensando en instalar Ubuntu 12.04 en el otro disco duro, pero tengo un poco de miedo que al hacerlo se me desconfigure todo. Programas como el acronis tienen la utilidad de dar formato a los archivos, si me decido por instalar Ubuntu en el otro disco, para darle utilidad y porque me gusta el sistema operativo, me recomiendas dar formato a los archivos del disco duro en vez de NTFS O FAT 32, estos (ext4, ext3). La verdad es que estoy un poco cansado de instalar y desinstalar, si sabes de alguna utilidad para gestionar los discos duros sis demasiados quebraderos de cabeza te lo agradecería. Bueno sé que quizá te he liado un poco, pero sobre todo te agradecería me dijeras a la hora de dar formato al disco duro para instalar ubuntu 12.04 que tipo de archivos me recomiendas, y si me puedes echar una mano en lo referente a lo de que no me deja reiniciar desde el disco Maxtor, cuando en el sector de arranque de la bios pongo disco duro en vez de cd rom. El disco duro Maxtor no tiene esos 100mb que tiene el otro disco, el programa acronis tiene una opción que pone copiar MBR o algo así, lo he hecho copiando el mbr y lo he copiado en el disco Maxtor y aún así no ha hecho nada. En fin espero no haberte liado mucho y si me puedes echar una mano te lo agradecería.