Instalar dos sistemas operativos

La cuestión es algo confusa, y espero no errar en algo.
1. Si el problema es que no arranque el sistema operativo que deseas, puedes modificar el archivo boot.ini de windows 2000 para que te cargue win98 u otro sistema operativo, para saber en detalle como hacerlo te paso el link de la página de microsoft donde explican muy bien como realizarlo...
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=http%3a%2f%2fwww.microsoft.com%2fIntlKB%2fSpain%2fe311%2f5%2f78.ASP
2. Si el problema es de partición puedes utilizar el partition magic para hacer los cambios que quieras en las particiones, es más seguro y confiable que cualquier otro programa que conozca.

Gracias por el Link ;por esta parte bien ;pero el partition magic no funciona con WIndows 2000 ; Si sabes algo sobre esto, escríbeme, si no, daré por finalizada la pregunta ; Gracias de todos modos

Existen varias opciones que podrías tener en cuenta a la hora de gestionar particiones:
http://www.softonic.com/index.phtml?modo=2&n_id_plat=1&n_id=473
Pero hasta donde yo se y he podido constatar, el partition magic 8.0 y hablo de esa version porque es la que he utilizado, puede redimensionar y gestionar particiones FAT - FAT32 y NTFS; más información en:
http://www.outsource-sl.com/fabricantes/powerquest/pm8.htm
Antes de hacer cualquier cosa con este programa, deberías hacer copia de seguridad de tu información más relevante, te paso otro link que podría servirte de guía para gestionar particiones con el PM8.
http://www.outsource-sl.com/fabricantes/powerquest/pm8.htm
Espero que esto te sirva como referencia para lo que deseas hacer.

Primero para responderte a esa pregunta necesito saber si tienes algún lugar en donde respaldar tus archivos, ya sea otro disco duro o cualquier otra unidad.

Tengo una partición aparte para datos ( Bueno dos ), y que nunca uso a la hora de instalar ¨Sistemas Oerativos, pero vamos, que alguna vez me ha pasado perder datos, pero no muchos;También tengo dos discos duros de 1Gb, pero no se instalar los dos discos duros en condiciones, a causa de una Regrabadora (Windows me cambia de letra de unidad y me hace un lio)

Bueno viendo que so puedes respaldar los archivos importantes te voy a dar la solución más fácil que se me ocurre.
Primero respalda todo lo importante, ojalá que lo hagas en cd o en discos duros que no vayas a ocupar para un sistema operativo.
Luego desconecta los discos duros que no vayas a ocupar en sistemas operativos para que no te armen un lio.
Una vez seguros los archivos importantes procede a formatear las unidades que serán destinadas a sistemas operativos, esto eliminará todos los rastros de sistemas operativos que tengas.
Una vez hecho esto instala el primer sistema operativo y todos los programas que vayas a usar en este.
Luego instala el otro s.o. pero asegúrate de que lo haces en una partición o d.d diferente a la que tiene el otro sistema operativo porque sino no te funcionará correctamente.
Ten en cuenta que el ultimo sistema operativo que instales es el que la computadora utilizará para arracar automáticamente cuando no se selecciona ninguno del menú.
Si tienes alguna duda de como formatear, conectar y desconectar discos duros, instalar sistemas operativos o cualquier otra duda que tengas, no dudes en preguntarme, con mucho gusto trataré de ayudarte.

Lo mejor para lo que tu quieres hacer es lo siguiente:
Cuando se quiere instalar 2 sistemas uno que es NTFS(WIN2000) Y otro que es FAT32(WIN98) es mejor instalar primero el Windows 98, una vez que ya este instalado el Windows 98 en la partición Principal o "C", ya puedes instalar el Otro windows ya sea Win2000 o WinXP, esto es por la facilidad que te da el sistema (win2000 o winXP de instalarse en otras particiones.
Así que primero el Win98 y luego el Win2000.
Cualquier cosa estamos para ayudarte.

Si, ya, eso lo he hecho varias veces, pero la transferencia (Velocidad del Disco duro ) en la partición 2ª, no es buena, y ese es el motivo por el que quiero Instalar W2000 (NTFS 1º : No Acepta el arranque del Windows 98 ) Gracia de todas maneras si no me puedes dar una opción algo más correcta

Si tienes ese problema, es muy seguro que el Disco Duro no este del todo bien, tengo muchos años metiendo varios sistemas en una maquina con disco duro particionado y cuando no he podido, ha sido porque el Disco Duro esta mal, ahora lo podrías hacer es tratar con un programa que se llama partition magic, ese programa te ayudara para que puedas "Bootear" con los sistemas que tu decidas instalar "YA TRATASTE CON ESTE PROGRAMA"
Cualquier cosa estamos.