Perdona, no te leí con calma. Reconozco tener muy poca noción para solucionarlo, lo cierto es que el motivo parece pasar por el virus (sobre todo) y también por el posterior borrado de algún archivo interno de sistema en el pendrive, como has comentado. Los virus son en ocasiones la razón exclusiva de que un pendrive deje de funcionar por completo de la noche a la mañana.. Otra causa, bastante menos frecuente, es que durante el trasiego intentando eliminar el virus y demás archivos, se cambiara el formato del pendrive de modo MSC a MTP, para investigar esta posibilidad, puedes probar lo siguiente: (el texto está recogido de varias páginas)
http://es.scribd.com/doc/51624407/reparar-USB-Puede-haber-cambiado-de-modo-modo-MSC-a-MTP
"Con el pendrive conectado al ordenador, haz click derecho al icono de Mi PC y te vas a propiedades, ahi te vas a la pestaña de hardware, abre el administrador de dispositivos, y busca tu pendrive, le das click derecho y actualizar controlador, se va abrir
una ventana seleccionas la opcion de instalar desde una lista o
ubicación especifica (avanzado) y click en siguiente; te sale una
ventana que te pide que elijas tus opciones de busqueda e instalacion
seleccionas: No buscar. Elegir "Seleccionare el controlador que se va a
instalar", ahora, le das a "siguiente" y ahi seleccionas el modo "MSC" y le das
de nuevo a siguiente, si es eso se escuchara el sonido en Windows, como si sacaras una unidad extraible y se volviera a conectar, y en tu barra de herramientas aparecerá la unidad
extraible/pendrive"
Sólo puedo sugerirte leer estos enlacest utoriales, quizá en uno de ellos encuentres la solución, pienso que es lo que otra persona con más conocimientos te va a decir que intentes probar primero
http://www.mundotech.net/2009/09/22/pasos-para-reparar-un-pen-drive/
http://www.taringa.net/posts/info/957356/XP-no-detecta-dispositivos-USB-Que-hacer.html
http://www.youtube.com/watch?v=PGTvmYgMzBc
Si lo deseas, puedes dirigir tu consulta a otra persona con más conocimientos, por mi parte poco más puedo decir, aunque si no consigues resultados, puedo intentar seguir buscando, cuatro ojos verán más que dos, perdona las molestias.