Layers

Es raro lo que te ocurre, pero todo tiene su explicación. Como te comenté en uno de los anteriores mensajes, para usar merge en dos vértices es imprescindible que estemos trabajando sobre UN MISMO OBJETO. Si hemos creado varias piezas con, por ejemplo, create polygon tool, para poder fusionar los vértices de las mismas, antes debemos usar COMBINE para convertir esas dos piezas en una sola, si no el comando merge no surtirá efecto. Me da la impresión de que lo que te ocurre puede deberse a una de dos cosas:
-O bien como te digo, estás tratando de fusionar vértices correspondientes a dos piezas u objetos distintos y antes deberás de usar combine para que esos dos objetos sean uno solo.
-O bien, lo estás haciendo en vértices que sí que corresponden a un sólo objeto pero al no estar lo suficientemente cerca, a pesar de que usamos merge, los vértices siguen separados (el hecho de usar merge no nos va unir obligatoriamente los vértices, ya que si no están lo suficientemente juntos puede ser que no se unan, y para ello puedes variar el valor 'DISTANCE' bajo el nodo 'polyMergeVert1 de los INPUTS en el channel box).
Me da que es lo primero, ya que como me has dicho, antes de usar merge has usado snap to point, y eso quiere decir que están justo uno encima del otros, y merge DEBERÍA FUNCIONAR.
En resumen, frente a tu pregunta "Habrá alguna forma de dejarlos realmente fijos, pegados, o unidos?", la respuesta es SI, por supuesto, de hecho esa es la función del comando merge, que dos o más vértices se conviertan en UNO SOLO. Tras usar merge, a todos los efectos DEBE QUEDAR UN SOLO VÉRTICE.
En cuanto a las capas, en mi opinión no son útiles para algo como modelar un rostro ¿por qué? Bueno, las capas lo que hacen es contener una serie de objetos independientes. En el caso de un rostro, sólo trabajamos con UN OBJETO, o quizás dos o tres si contamos que cada globo ocular es otro objeto independiente. Puedes crear una capa y meter en ella los ojos del modelo, y apagar su visualización si te molestan los ojos para trabajar con la cara, pero... si metes todo el rostro en otra capa, y apagas la capa, dejas de ver el rostro... no sé si me explico. Es decir, las capas SOLO CONTIENEN OBJETOS ENTEROS, no puedes meter componentes independientes en ellas, no puedes meter varias caras o varios edges de un objeto en una capa.
Si estás creando la nariz por un lado, con create polygon tool, luego los labios por otro, etc, es cierto que tendrás varios objetos y PODRÍAS meterlos en capas distintas pero... eso me lleva a tu primera pregunta... al final, tendrás que usar COMBINE con todas esas partes para poder fusionarlas y trabajar con ellas como un solo objeto, como un rostro único, y entonces las capas no te servirán de nada, no podrás ocultar la nariz o los labios y dejar el resto visible ya que todo es un objeto, y estará en una capa, que puede estar visible o no...
Para trabajar con layers no hay que configurar nada, simplemente se usan cada vez que las necesites. Puedes crear una capa nueva vacía con el iconito correspondiente, que es como un folio con un asterisco amarillo, y luego ir añadiendo objetos a la misma (selecciona el/los objeto/s que quieras añadir, pulsa botón derecho del ratón sobre la capa y pon 'add selected objects'. O bien puedes crear ya una capa con los objetos que desees (primero selecciona los objetos y luego pulsa el iconito correspondiente que es igual que el anterior pero tiene además como una bolita azul).
Una vez creada, puedes marcar o desmarcar el primer cuadradito a su izquierda y aparecerá una V o no, lo que indica que la capa es visible o no. Y también puedes marcar el segundo cuadradito lo que hará que aparezca una T (eso es 'template' o 'plantilla', lo que nos visualiza los objetos contenidos en la capa como un wireframe, sin volumen, y no son seleccionables, esto es útil para usar los objetos como una plantilla en ocasiones), o bien si le damos otra vez, la letra R ('reference') que lo único que hace es hacer NO seleccionable al objeto para que no lo seleccionemos accidentalmente en casos en que lo creamos necesario.
Las layers son muy útiles en escenas con muchísimos objetos, imagina una habitación con muchos objetos, pues metes en layers los objetos, por ejemplo creas una capa con el nombre 'muebles', otra 'decoración', otra 'plantas', etc, y cuando queramos aligerar la escena mientras trabajamos pues ocultamos las capas en cuestión.
Pero para un rostro, posiblemente no le encuentres utilidad como te comenté.
Ah, para renombrar una capa haz doble click sobre su nombre y en el cuadro de diálogo cambiale el nombre.
Si quieres seguir tratando el tema de capas o layers, sigue preguntándome, ya que es bastante extenso, pero creo que con esto que te comento tendrás para ir empezando con ellas...