Tabla de datos en mysql con diferentes textos. Consultar las palabras introducidas

Tengo una tabla "alumnos" y otra que se llama "materias", cada una de las tablas esta conformada de la siguiente forma:
Alumnos (id_alumno, nombre, apellido, cedula, id_materia(Clave foránea o index))
Materias (id_materia(clave primaria), asignatura, nota)
Las tablas están relacionadas por el campo(id_materia), mi duda es: Si tengo que hacer una nueva tabla materias por cada alumno que se registre en la tabla alumnos.
Pregunto esto porque cuando hago la consulta para ver las notas de un alumno, una sola tabla no me sirve porque la tabla materias no puede ser la misma para todos los alumnos ya que todos no deberían tener las mismas notas.. Espero haberme explicado bien.. Espero pronta respuesta y colaboración, Gracias..
Nota: Esta es la consulta que hago para llamar los datos de las dos tablas en mysql
SELECT * FROM alumnos, materias WHERE alumnos.id_materia = materias.id_materia AND cedula = cedula(Este es el campo de texto que viene del formulario)

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Creo que te seria más simple y mucho más optimo crear una tabla relación llamala alumnos_materias y solo incluyele los campos id_alumno y id_materia a la tabla alumnos quítale el campo id_materia y utilizas la nueva tabla para repetir las veces que sean necesarios alumnos o materias, la manera en como tu lo tienes seria funcional si cada alumno se inscribiera en una sola materia, las notas o calificaciones creo que lo ideal seria almacenarla en una tabla externa notas en la que tengas los campos id_alumno, id_materia y nota para que puedas tener un mejor control y una base más optimizada, si no te queda claro avisame estaré al pendiente!
Esta bien.. lo intentare.. cualquier cosa yo le aviso.. y le pondré la puntuación.
Gracias por su pronta respuesta..
Tengo las tablas como tu me dijiste, pero aun no veo como un alumno pueda tener más de una materia con sus notas.. Disculpa la ignorancia pero es que de verdad es importante para mi esto ya que estoy en la tesis de grado y necesito hacer esto..
Alumnos (id_alumno, nombre, apellido, cedula)
alumnos_materias (id_alumno, id_materia)
Nota:
Estas palabras tuyas no las entendí...
"Utilizas la nueva tabla para repetir las veces que sean necesarios alumnos o materias".
Me podrías poder un ejemplo lo más sencillo posible.. te lo agradecería..
Conctactame a [email protected] para enviarte una tabla con la idea principal de la estructuración!
www.flops.com.mx

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