Progeter Archivos MySQL

Se va a instalar una demo de un programa basado en PHP y MySQL con un cliente, sobre Windows (XP por lo que se) la instalación se realizara con XAMMP. Los archivos PHP están encriptados, se pondrá un usuario a la cuenta root de MySQL para evitar que puedan ver o modificar el código y las estructuras de la BD.
El problema es que hasta donde se, es posible copiar los archivos .FRM, . MYD y .MYI (es decir los archivos "fisicos" de los datos) ponerlos en otro MySQL y verlos sin ningún problema o restricción ¿hay forma de poder evitar eso? Ya sea que no puedan copairlos o que aun copiandolos no puedan verlos sino es a través de una clave o algo parecido.
En Access se puede proteger el archivo y sin importar si lo copian o no, la clave permanece y Access no es tan robusto como MySQL por eso espero que haya alguna forma.

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MySQL tiene el sistema de permisos que impide que, desde MySQL puedas acceder a la base de datos si no conoces el usuario y contraseña. Aunque los archivos los puedan copiar, para verlos le pedirá la clave de usuario. De todos modos, por formato de archivo y tecnología, yo personalmente utilizaría InnoDB.
Si, pero al pasarlos a otra BD que ellos controlen o tengan la contraseña de root, podrían ver los datos y estructuras sin problemas.
¿Entonces cómo MyISAM no hay forma de progerlos? Se que ya esta fuera de la idea principal de la pregunta pero ¿qué ventajas tiene MyISAM sobre InnoDB y viceversa?
Si tienen la contraseña root no podrás protegerlos, lo único sería que encriptases todas las cadenas, pero puede afectar al rendimiento y necesitarías cambiar varias cosas en tu programa. Aunque igual sí que podrías encriptar la información más crítica y el resto dejarla.
La principal diferencia entre MyISAM e InnoDB es que InnoDB permite transacciones y relaciones entre tablas, MyISAM tiene más rendimiento.

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