Si el servicio no estaba facturado en su momento y se ha devengado después de haberte dado de alta como autónomo entonces lo más correcto para que todo esté legal sería que hicieras un alta censal en Hacienda con el modelo 036 o 037 (el que corresponda). Es este documento te darías también de alta en el epígrafe de IAE que tenías el año pasado.
Haces el alta censal, con lo cual para Hacienda ya eres empresa y tienes la capacidad legal de emitir facturas. Emites la factura, con IVA y Retención si corresponde y te vuelves a dar de baja en Hacienda con el mismo modelo de documento. Todo es legal y adecuado a derecho. En el trimestre que corresponda haces el ingreso del IVA con el modelo 303 y a fin de año el resumen (Modelo 390). El año que viene, en 2015, harás la declaración de Hacienda en la que incluirás los datos de esa factura.
No es necesario el alta en autónomos puesto que la actividad no cumple el requisito de "continuidad" exigido para ello.
Con este proceso, que parece un poco lioso pero que en realidad es bastante rápido, queda todo atado y bien atado con la ventaja de que esta vez no hay intereses de demora.
Un saludo, espero haberte ayudado, por favor no olvides puntuar la respuesta si te ha sido de utilidad