Residencia de larga duración y Nacionalidad concedida

Esta es mi pregunta.
Soy extranjero no comunitario, con permiso de residencia y trabajo por cuenta ajena el cual he renovado dos veces, mi permiso se vence en junio de 2013, con lo cual en principio ya debería tramitar la residencia de larga duración.
Por otra parte, cuando cumplí los dos años de residencia, solicité la nacionalidad española. En enero de este año, apareció en la web del Ministerio de Justicia que me han concedido la nacionalidad, con lo cual el próximo paso sería que mi registro civil (Alcobendas, Madrid) me tome la jura y me inscriba, para finalmente poder sacarme el DNI.
Ahora viene el problema: resulta ser que el registro civil de Alcobendas me ha citado para hacer la jura el día 10 de diciembre de 2013, y luego de la jura demora otro año para la inscripción y darte la partida española; es decir, que la perspectiva para tener el DNI español sería para finales del 2014 o para el 2015. Siendo así, entiendo que debo solicitar la residencia de larga duración, y continuar con mi NIE de no comunitario hasta que finalmente pueda tener DNI español, ya que no puedo estar con el NIE caducado y sin DNI.
¿Estoy en lo cierto? ¿O pueden ponerme una pega cuando vaya a solicitar la residencia de larga duración por el hecho de que en el Ministerio de Justicia esté con nacionalidad española concedida?