Tras firmar el contrato, encuentro varios desperfectos

El pasado 20 de Octubre he alquilado un local para poner un negocio. Cuando llamé al dueño para pedir información del local, le pregunté si tenía permiso de apertura y me respondió que si...(para mi era primordial que tuviera licencia para ahorrarme esos gastos, y evitar la espera del ayuntamiento. El cual te desesperas)se lo volví a preguntar cuando vi el local y me volvió a responder que si, ya que hasta hace dos semanas había estado durante 5 años una boutique... Por lo que, ese mismo día me solicitó una cantidad de dinero para la reserva del mismo hasta la firma del contrato.
Cual fue mi sorpresa cuando fui al ayuntamiento el día anterior a la firma para cambiar de actividad la licencia y me dicen que no tiene desde el año 1989. Eso me supone un gasto extra y una espera de la cual yo me estaba respaldando, pero no pude echarme para atrás puesto que ya tenía 15 días de arreglo de papeleos para ese local.
Luego en la firma del contrato me entrega la llave y me voy a verlo . Al siguiente día lo voy a limpiar y empiezo a ver desperfectos: el grifo del lavabo esta suelto, una llave de agua instalada en el baño gotea, la 2ª cerradura de la puerta de la calle no cierra porque está rodada la pieza que hace que centre, por lo que no pasa los enganches, la persiana del exterior de la puerta cuesta cerrarla y está torcida, una de las paredes tiene dos pequeños agujeros que atraviesa el tabique, al inodoro le falta la tapa, la cerradura de la puerta del baño está estropeada y el techo por una parte le falta algunas plaquetas de escayola.
Mi pregunta es la siguiente: ¿Debería redactar un documento donde se informe todos estos desperfectos y lo firmemos ambas partes? Puesto que en el contrato dice que debo dejar el local en perfecto estado, que es como lo encuentro, o me lo descuentan de la fianza. El local yo lo entregaré mucho mejor que lo encontré puesto que voy a realizar pequeñas obras, las cuales están recogidas en el contrato, ej... El hacer otro baño, y unas escaleras... Etc., pero también dice que si el dueño requiere que lo retire al final de dicho contrato, debo quitar todo y a mi cargo... Es por eso que pregunto si debo hacer ese documento de desperfectos, así por lo menos mi fianza la respete y compence todo lo que tengo que reparar yo ahora. Incluso tirar algunos trastos y basura que estaba allí.
¿Debería detallar en el documento también que el propietario me afirmó que tenía licencia de apertura y luego no era así? Es que el ayuntamiento me exige un proyecto de un arquitecto, el cual me obligará a realizar reformas hasta lograr dejarlo como la ley solicita y eso creo... Me costará bastante dinero... Cosa que estaba evitando, ya que había rechazado varios locales que no tenían licencia.
Agradecería me dijera que puedo hacer ahora para protegerme de futuros problemas.