¡Urgente por favor!

Buenos días. Quería consultar un problema que tiene un amigo.
Resulta que vino a Madrid desde México para estudiar un Master y por temas de comienzo de las clases no le dio tiempo a pedir el visado de estudiante y se vino a España con el visado de turista.
Por motivos personales no pudo salir a los 3 meses del país, que es cuando le caducaba el visado y ahora cuando se vaya a regresar en agosto a México está muy preocupado por si le miran el pasaporte en el aeropuerto y le dicen que no puede volver a entrar en 6 años a España como infracción.
No conocemos muy bien cómo están las Leyes ahora con estos temas porque se están haciendo continuas reformas.
Yo me he informado por mi cuenta y encontré un artículo del Código Civil donde dice que si llevas aquí más de tres meses con los permisos caducados te van a imponer una multa de XXX euros por considerarse una infracción grave, pero sólo con las infracciones muy graves (que no es el caso, creo) le expulsarían del país.
Además por si acaso cuando regrese sí va a llevar los billetes de avión de los viajes que hizo a Italia y París por si le dicen algo en el aeropuerto para que vean que salió de España, aunque lo que vale es salir de la Unión Europea.
El caso es que estamos muy preocupados con este tema y nos gustaría saber su opinión, por si han cambiado las leyes recientemente.
También querría saber.. Si se llegan a dar cuenta que en el pasaporte no tiene ningún sello puesto ya que no salió de la Unión Europea, ¿dónde se lo van a decir, en el aeropuerto de aquí de Madrid o cuando llegue a México? (El pasaporte no lo tiene caducado, le caduca en noviembre)
También querría saber si ¿se puede hacer algo para resolver esta situación o lo único que queda es esperar y si se dan cuenta que no salió de España cumplir con la infracción correspondiente? Y por favor me podría decir cuál sería en este caso.
Muchas gracias por su atención.