Novata recibiendo a cachorra pastor alemán en casa

Muchas gracias por tu confianza y por tu interés en el bienestar de la perrita. Vamos a ver si te aclaramos tus dudas.
Antes de nada, tienes que situarte en la raza, aunque ya me dices que estás leyendo libros y eso lo tendrás claro. El pastor alemán es el perro por excelencia, al menos para los europeos. Es extremadamente inteligente, potente y leal. Por otra parte, es perra, lo que supone un celo cada 6-8 meses y que es más pequeña de tamaño, pero también es más cariñosa e inteligente que el macho. Es una buena elección siempre y cuando tengas claras algunas cosas (básicamente: disciplina, mucha disciplina, y ejercicio, mucho ejercicio). Al hablar de ejercicio me refiero al físico, pero también al mental: el pastor alemán, como todos los perros inteligentes, es una bomba de relojería si está aburrido. Y no está aburrido si está cansado y/o entretenido con algo.
Vamos a tus cuestiones: El encuentro perra-gatos no debe plantear mayor problema. Lo perfecto sería que se conociesen en algún lugar neutral, pero esto suele ser complicado para los gatos, de modo que lo enfocaremos en casa. El perro y el gato tienen una concepción del mundo muy diferente, empezando porque el perro es un animal gregario y el gato no. Esto implica que es más fácil introducir a un perro en un grupo que a un gato, ya que éste apenas tiene conciencia de tal grupo. Los animales tienden a entenderse y, sobre todo, a hacerse entender entre ellos, aun cuando pertenezcan a especies diferentes. Digamos que es como si un niño inglés y otro japonés coincidiesen en la guardería. El inglés estaría tan feliz en su familia como el japonés en la suya, pero en la guardería ambos llegarían a un entendimiento en juegos, siestas, etc. Esto es más o menos igual, pero hay que tomar precauciones. La primera, la perra debe aprender cuál es su sitio respecto de los gatos y de ti. Tú se lo vas a enseñar con órdenes, premios y castigos; los gatos se lo enseñarán con bufidos, erizamiento del pelo y arqueo del lomo. Así, la dejarán acercarse lo justo (cada vez más), la dejarán jugar con ellos sólo si quieren, etc. Yo personalmente soy partidario de intervenir lo menos posible y dejar actuar a la naturaleza, ya que al no ser ninguno presa del otro (en libertad, me refiero) la sangre no suele llegar al río. Eso sí, etn paciencia porque al principio será un caos, pero en unos días todos estarán ya situados.
La otra pregunta ¿dentro o fuera? Tú sabes qué régimen de vida va a llevar la perrita, de modo que se trata de orientarla a ese régimen poco a poco. Ten en cuenta que ella siempre preferirá estar con vosotros a sola (independientemente de si es dentro, fuera o donde sea), pero que es un perro de utilidad y por lo tanto le gusta sentirse útil. Dale "trabajo" fuera, que tenga claro que estar fuera es estupendo para que sea ella la primera que quiera irse. Cuando juguéis, la deis de comer, etc., hacedlo en la parcela y no en casa, pero progresivamente porque, como dices, es muy pequeña y por su salud y seguridad conviene que la tengáis supervisada los primeros meses. Ahora bien, yo haría que durmiese dentro de casa porque en ningún jardín hay cosas de gran valor que robar y el perro es más vulnerable a envenenamientos, disparos, etc. en el jardín que en casa. Y otra cosa: cuando tenga el celo, el jardín se te puede llenar de perros de los alrededores, tendrás que mantenerla en casa más de lo normal.
Lo de las cacas y eso es muy sencillo, y más ahora que, al ser verano, podéis estar más tiempo fuera. Empezad por felicitarle y premiarle cuando lo haga fuera, y reñidle cuando lo haga en casa. Calcula el tiempo que tarda entre la comida y sus cosas y tenla en el jardín cuando vaya a hacerlas, para asegurarte de que puedes felicitarle. Son muy listos y enseguida lo captan. Personalmente, yo no haría más, pero si tienes algún problema con esto vuelve a escribirme.