Gastos por 3000 euros y no consta en la escritura

Situación: hace 5 años compramos un piso subrogandonos a la hipoteca del constructor y pidiendo una pequeña ampliación.
Hace unos meses, por oferta de otro banco, comenzamos los tramites para cambiarnos de hipoteca, la oferta era buena y SE HACÍAN CARGO DE TODOS LOS GASTOS. Pasaba el tiempo y muchos papeles, hasta que nos comunican que la operación estaba aprobada y nos envían una oferta vinculante que debíamos firmar y enviar. Leímos detenidamente y encontramos que en la oferta decía:
"todos los gastos e impuestos que se deriven del otorgamiento de la escritura de subrogación y su inscripción registral, así como de los tramites necesario para ello, serán de cuenta exclusivamente de la parte prestataria."
Como lo leído no concordaba con la oferta inicial, fuimos a una de sus oficinas y nos contestan que nuestra oferta era una oferta especial y que solo tenían un modelo de oferta (y no podían hacer otra para nosotros) así que teníamos que firmar esta, pero que no nos preocupáramos por que al momento de la firma ante el notario todo se haría correctamente. Esto no nos dejo tranquilos y llamamos al servicio de atención telefónica y nos dieron la misma respuesta. Lo dimos por bueno, firmamos y la enviamos. Desde aquí nos ponen en contacto con una gestoría y enviamos otra interminable lista de papeles. Estas comunicaciones con la gestoría se hacían vía mail así que en muchos queda claro que el banco se hace cargo de los gastos de subrogación-novación, pero no de los de cancelación de la hipoteca pequeña. Después de digerir este mal trago, ya que hasta ese momento no sabíamos que nos tocaría pagar unos 1200 por la cancelación, pero, considerando que la cancelación pagaríamos ahora o al final decidimos seguir. A mi cuando se trata de temas de dinero me gusta enterarme bien de lo que voy a firmar, entonces, solicito a la gestoría nos envíen el borrador una semana antes de la firma. Esto se lo dejamos muy claro por que si no, no firmábamos. Así la fecha de firma se cambio, creo, en tres ocasiones ya que no conseguíamos hacernos con el dichoso borrador. Todo esto hasta esta semana que lo conseguimos bajo amenaza de no firmar si no nos lo daban con tres días (laborables) de antelación.
Aquí empiezan las sorpresas
Primera: solo me envían el borrador de la subrogación y no el de novación.
Segunda: leyendo el borrador en la parte de gastos dice:
"todos los gastos, tributos e impuestos que origina la presente escritura, en su nacimiento, vida, ejecución y cumplimento, serán satisfecho por la parte deudora en su integridad, incluso las costas, gastos y perjuicios que se originen al banco por el incumplimiento del contrato, o para el cobro del crédito, y por los procedimientos motivados por ello, incluidos los honorarios de abogado y procurador".
Tercera: Llamamos al servicio de atención telefónica y la respuesta de la asesora hipotecaria fue:
"esta es la forma en que se hacen las subrogaciones en este banco, que nos teníamos que fiar de ellos ya que la provisión de fondos que nos pedían era solo de 1200 (para cancelar la hipoteca pequeña) y que ellos habían hecho la provisión restate, razón suficiente para nosotros confiar"
Esta parte es verdad ya que hasta ahora ese fue el único dinero que depositamos.
Por la falta de la novación me dice que habrá sido un error de la notaria y que la solicitemos otra ves.
Ahora, sabiendo lo anterior preguntamos lo siguiente:
1- ¿Por qué un banco que paga gastos por más de 3000 euros no hace constar esto en la escritura publica?
2- ¿En qué puede afectarnos?
3- ¿Pueden más adelante solicitarnos el dinero?
4- ¿Podemos tener problemas fiscales por esto?
5- ¿No les parce todo muy extraño?
Este banco no es pequeño, es uno de los más grandes del país. Necesitamos consejos para nuestro próximo paso. Si necesitan alguna aclaración no duden en preguntarnos.