Contabilizar abono de ingresos indebidos de Hacienda

Mucha paciencia lo primero de todo. Es frecuente llegar a una empresa y encontrarse la contabilidad patas arriba por supuestos profesionales o asesores. Pero bueno ... no vamos a perder el tiempo haciendo crítica.
Cuando dices que no tienes acceso a la contabilidad de 2007 desconozco si es porque se ha perdido la información almacenada informáticamente, o porque se han extraviado los libros de contabilidad físicos.
Si se han perdido los archivos informáticos, tienes que intentar localizar los libros físicos. Si estos no aparecen, al menos espero que en su día los presentaran en el registro mercantil y puedas conseguir una copia, por lo menos de los balances.
Todo esto para rastrear qué pudo pasar con ese saldo porque si se duplicó el pago, la 47 tendría que presentar un saldo deudor, y según me comentas no es así. Por tanto, se debió regularizar de alguna manera.
La misión sería localizar qué se hizo con ese saldo deudor, desde 2007 hasta que tu entraras. Cuando localices ese apunte, habría que deshacerlo, para dejar el saldo deudor nuevamente en la 47, que quedaría cancelado con el nuevo asiento de la devolución de Hacienda.
Se me ocurre que si no localizas los libros, físicos o informatizados, podrías rastrear los extractos bancarios, aunque esto tampoco te va a decir mucho, además de en qué fecha se hicieron los pagos y por qué banco. Pero igual ayuda a conseguir alguna pista.
También puedes ver si tienes otro tipo de cuentas "raras" como una cuenta de socios donde "echaran" todos los saldos "incomprensibles", cuentas de proveedores, acreedores, o clientes varios o cualquier otra que pueda no ajustarse a la realidad. Es probable que las utilizaran para llevar saldos que no sabían a qué correspondían o para "ajustar" cuentas.
También pudiero usar una cuenta como la de gatos extraordinarios o algo así (he visto cosas peores) para diluir el saldo.
Finalmente, si lo intentas todo y no consigues averiguar nada, tendrás que saldar la cuenta contra la 129 de Resultados de Ejercicios Anteriores. Al fin y al cabo, es un saldo de tesorería que debió estar entonces, y no estuvo. Pero esto último es a la desesperada, cuando hayas agotado todas las posibilidades de rastreo, búsqueda y comprobación de saldos.
Y si finalmente tienes que tomar esta última decisión, no es muy acertada, pero es lo único que queda. Y ponerle unas velas a toda la corte celestial para que no haya una inspección de Hacienda, y pregunten por ese movimiento. El problema no sería tener que explicarlo, sino que para comprobarlo pidieran los libros contables anteriores, no estuvieran o detectaran más errores.
Mejor no pensar en eso, evitar tomar el camino de en medio, y aunque sea pesado intenta por todos los medios localizar qué se hizo para que desapareciera aquel saldo deudor de la 47.
No modifiques el asiento de apertura. Como sabes debe coincidir con el de cierre N-1. Estarías falseando la contabilidad.
Mucha paciencia y suerte.