Ecología

Tus preguntas son más de fisiología vegetal que de ecología.
La primera pregunta da por hecho lo que no es siempre cierto: el «gran desarrollo entre entrenudos». Si por «desarrollo» te refieres a distancia, los entrenudos pueden ser brevísimos, en rosetas basales, por ejemplo, tanto como largos; en tallos largos la longitud la prestan los entrenudos, desde luego. Si por desarrollo te refieres a crecimiento, es otra cosa, y también discutible. En las plantas el crecimiento en longitud lo producen sobre todo los meristemos (tejidos embrionarios, con rápida multiplicación celular) apicales (en la punta de tallos y raíces); en los equisetos y las monocotiledóneas hay meristemos intercalares atravesados que pueden producir un crecimiento secundario en longitud considerable, formando nuevas células entre las existentes, empujadas a apartarse. Además de por multiplicación celular, el órgano puede crecer por el engrosamiento de las células existentes. Seguramente es a este crecimiento intercalar al que te refieres. A diferencia del crecimiento apical, controlado por auxinas, el crecimiento intercalar está controlado por giberelinas y citoquininas.
Desde un punto de vista ecológico lo que facilita ese desarrollo intercalar es un crecimiento muy rápido. Es especialmente útil para plantas herbáceas si crecen en ambientes en los que la estación vegetativa es limitada (como las sabanas en climas de dos estaciones, y otras «praderas» dominadas por las gramíneas); y también cuando son recortadas constantemente por los herbívoros. Ya sabes que muchos ungulados tienen dientes de crecimiento continuo para compensar el desgaste que les producen las partículas de sílice con que se defienden las gramíneas, así que ese crecimiento rápido sería parte de esa particular «carrera armamentística». Si es esto último lo que te interesa, habría quedado más claro formulándolo de otra manera: «¿Para qué presentan algunas plantas un crecimiento rápido en los entrenudos?» Se discute la propiedad del lenguaje teleológico (finalista: para qué) allí donde no hay un autor personal, pero la lengua no dispone de otro medio para trasladar esa clase de significados, relativos al papel o función de algo en la economía de un sistema natural.
En cuanto a la segunda pregunta, de nuevo, ante el «a qué se debe», cabe una interpretación mecanística (cómo se producen) y otra funcional (para qué sirven). El mecanismo tiene que ver con el control genético de la morfogénesis, modificado por el ambiente, porque la pigmentación no se desarrollará igual en distinats condiciones de iluminación, y también puede modificarse por la disponibilidad o no de ciertos nutrientes y por seres vivos, sobre todo parásitos. En cuanto a una posible función de las manchas «normales»: No necesariamente tienen todas que servir para algo. Hay un vicio «adaptacionista» que consiste en buscar la función a cualquier rasgo de un ser vivo, cuando muchos son constricciones del desarrollo y la emorfogénesis, efectos pleiotrópicos asociados al desarrollo de otros caracteres, que ellos sí, son funcionales. Las áreas manchadas de antocianinas u otros pigmentos en hojas y tallos, deben cumplir una de dos clases de función. La primera, modificar el comportamiento frente a la radiación (protegiendo del ultravioleta, reduciendo o aumentando la reflectancia -que afectará a la temperatura, por ejemplo,...). La segunda, servir de señales visuales a los animales. Esto último es fundamental en las flores (pétalos, estambres, brácteas,...) que tienen manchas incluso en muchos casos en que no lo parece (en el espectro ultravioleta); en las hojas la función visual de las señales no es evidente, pero las plantas no se relacionan solo con sus polinizadores, sino con animales que dispersan sus semillas, o con las hormigas, que las protegen de ciertos parásitos, como muchas mariposas.
La fisiología no es lo mío, pero sí me interesa la autoecología. No sé si habré resuelto resuelto alguno de tus enigmas, pero lo he intentado.