Licencia de obra mayor

Sin más datos solo te puedo decir que depende
Si la obra está empezada suele convenir acabar la obra, para no tener que hacer modificaciones para cumplir normativas que entrasen en vigor después de la obtención de la licencia (y que en ocasiones pueden sen incompatibles con parte de lo realizado) si decides acabarla en un futuro.
Según lo quisquilloso que sea el ayuntamiento donde edificas, puede que no se metan demasiado en el tema de plazos, y que no pase nade si presentas el final de obra una vez rematado el plazo (incluso pasados años, en algunos sitios no pasa nada). Infórmate preguntándole a tu arquitecto o al aparejador, que seguramente sepan como está el tema.
En caso de que tengas que presentar el fin de obra antes de octubre y la obra no esté acabada; si no falta demasiado: HAZLO, es decir, presenta el fin de obra. El ayuntamiento tardará un tiempo en tramitar el papeleo, ir a comprobarlo, requerirte que acabes lo que esté sin finalizar... y mientras tanto puedes acabar la obra.
Si decides abandonar la obra, mírate bien las condiciones y penalizaciones que puedes tener; según donde esté pueden darte orden de demoler o de rematar exteriormente lo que esté hecho.