Procedimiento negativa licencia de obras

Estimado Señor.
Hace seis meses, sin saber las consecuencias, nos decidimos mi mujer y yo a instalar en la terraza de nuestra vivienda, una pergola de madera.
Como estamos viviendo en un edificio con dos vecinos más, uno de ellos nos denuncio y el ayuntamiento nos abrió un expediente, posterior a esto fuimos al ayuntamiento a pedir una licencia de obra menor para poder legalizar dicha pergola, a fecha de hoy nos han remitido una carta del mismo ayuntamiento para informarnos de que la licencia a sido denegada, por ello quisiéramos saber cual es el paso siguiente, ya que con vistas a haber recibido la negativa del ayuntamiento basándose en su disciplina urbanística, no vemos lógico interponer recurso alguno.
Por ello quieramos saber si debemos por voluntad, el retirar dicha pergola, y si debemos informar por escrito al ayuntamiento de que una vez hecho, lo tengan en conocimiento, ya que en la negativa de la licencia no nos comunican nada sobre retirarla.
Muchas gracias de antemano por su respuesta, que espero nos saque de dudas.