Mi servidor no se apaga

Antes de nada comentarte que como servidor que es, tiene, o por lo menos debería estar mejor preparado que un equipo corriente para soportar largas horas de trabajo continuo.
Te recomiendo como media de protección que le pongas un SAI para así saber que no se va a estropear con ningún pico de tensión.
Ahora entramos a la pregunta, por lo que comentas, veo dos opciones, una más probable y otra menos. Te explico las dos.
Primera, dentro de la BIOS, algún parámetro este cambiado y no permita el apagado completo del equipo. Para solucionar esto, entra en la BIOS pulsando F2, Suprimir o la tecla que corresponda al modelo, y restaura la configuración por defecto. Después, si por algún motivo tienes que cambiar algún parámetro, asegurate bien de sus efectos en el sistema.
Segunda, dentro de las opciones de administración de energía de windows (entiendo que usas este sistema) algún parámetro esta cambiado y no permite el apagado. Como en la opción anterior, restaura los valores por defecto y si tienes que hacer algún cambio mira muy bien sus efectos.
Si ninguna de estas dos opciones te funciona puedes preguntarme de nuevo, para eso estamos ;)

Mi estimado experto probé con lo que dijiste, y sigue igual... se me ocurrió lo siguiente:
Ir a Mi PC-Propiedades-Avanzados y ahí tenia activa la casilla de "Automatically restart" (Cabe mencionar y pido disculpa por no haberlo puesto en la primera pregunta, pero mi s.o es Windows Server 2003).. y desactive esa casilla
Bueno se me ocurrió reiniciar el server y me apareció una pantalla azul con el siguiente error:
"Un problema ha sido detectado y windows ha sido apagado para prevenir daños a la pc.
Si esta es la primera vez que aparece esta pantalla de error, reinicia la pc. Si la pantalla sigue apareciendo, sigue los siguientes pasos:
- Asegurarse de que hay suficiente espacio en disco duro. Si un driver es identificado con el mensaje de Stop, deshabilita el driver y revisa con las actualizaciones del fabricante.
Revisa con tu proveedor para algunas actualizaciones del BIOS
(Esto ya no lo pude traducir) Disable BIOS Memory option such as caching or shadowing. If you need to use safe mode to remove o disable components, restart your computer, press F8 to select advanced startut options, and then select safe mode"
Cabe mencionar que ya actualize el bios y ya entre en modo seguro, y al apagarla o reiniciarla me manda la misma pantalla azul con el error.
Lo raro es que cuando apago el servidor del botón de encendido y apagado del panel frontal del server.. entra al sistema sin ningún problema...
Estimado experto se agradece tu ayuda..
Espero tu pronta respuesta

Realmente curioso lo que le pasa, por la pantalla azul, apostaría a que es un problema de hardware, depende de si la empresa que te vendió el pc te dio un servicio técnico o no, tendrás que llevárselo a ellos a que lo revisen en profundidad o pasarle tu alguna prueba de stress a ver si detectas algún componente que falle. Especialmente habría que revisar la fuente y la placa base para ver si no envía correctamente la señal de apagado.

Estimado experto, le realize dos diagnósticos, le hice un test extendido, que me revisa todos los componentes y no arrojo ningún, error. El otro test era para revisar las memorias, y tampoco arrojo errores...
¿Crees qué si llego a formatear y reinstalar el s.o. se solucione mi problema?
Saludos...
Espero tu pronta respuesta

Pudiera solucionarse si, y es bastante probable. Ademas si no lo hace, sabes a ciencia cierta que es un problema de hardware.
De todos modos mira bien si te es viable formatear tu servidor y si vas a poder recuperar la información y dejarlo totalmente funcional.